Храм в честь св. князей Бориса и Глеба расположен в старой части г. Коломны – Запруды, которую населяли раньше купцы и ремесленники. Впервые он упоминается в документах XVI в. До XVII в. церковь была деревянной. Храмовая икона XIV в. «Святые Борис и Глеб с житием» сейчас хранится в Государственной Третьяковской галерее.
Каменная церковь была построена в 1716-1726 гг. неизвестным зодчим в стиле русского барокко, на средства местных состоятельных жителей К. Житникова и Н. Набокова. Во второй половине XVIII – начале XIX вв. храм перестроили: была пристроена трапезная в честь праведных Захарии и Елисаветы.