Старинное торговое село Шкинь в XVIII в. принадлежало роду известных московских бояр Бибиковых. В имении находилась деревянная церковь.
В 1795—1800 гг. тщанием генерал-майора Г.И.Бибикова и семьи Приклонских была выстроена новая каменная церковь. Исследователи полагают, что проект создавался Родионом Казаковым, а строился храм под непосредственным наблюдением И.А.Селехова. Монументальное здание украшено двадцатью мощными белокаменными колоннами. Лоджия западного входа венчается двумя звонницами. Летняя церковь насчитывает пять световых ярусов.
Главный престол — в честь Сошествия Святого Духа — располагался в летнем храме. В теплой церкви, отделенной стеклянной перегородкой, находились еще два престола: во имя Архистратига Михаила и святителя Николая.
Постройка непрерывно украшалась и обновлялась. Особую роль сыграл в благоукрашения святыни блаженный Даниил Коломенский (1825—1884 гг.). Прозорливому Данилушке охотно жертвовали милостыню. Целые горы медных монет юродивый отдавал в шкиньский храм. На пожертвованные деньги были поправлены звонницы, отлит большой колокол, весь храм расписан заново. Блаженный похоронен у алтаря храма.