Архангельский храм был основан в середине XIV в. Деревянная церковь находилась к западу от Коломенского кремля. К XVI в. здесь было уже два храма: в честь Чуда Архангела Михаила в Хонех, второй посвящен Собору Архистратига Михаила. С тех пор ворота кремля стали называться Михайловскими, а местность вокруг храмов — Михайловской слободой. В 1700 г. «иждивением приходских людей» была возведена каменная церковь во имя Архангела Михаила с приделом во имя Трех святителей.
Дошедший до наших дней храм самый большой в Коломне. Он стоит на основании предыдущих строений. Самая старая часть — колокольня второй половины XVIII в. (от нее сохранился нижний ярус). В 1806 г. при помощи коломенских купцов Романа, Авксентия и Иакова Колесниковых была перестроена трапезная, пристроены престолы в честь Казанской иконы Божией Матери и во имя Трех святителей.