На первом этаже находится зал «Природа и человек в Коломенском крае с древнейших времён до XII века». Гости музея могут проследить, как возникла и развивалась жизнь на Коломенской земле. Климат и природа явились одной из причин крупных изменений в жизни человека: занятий и орудий труда. В экспозиции представлены уникальные археологические находки со стоянки эпохи палеолита (12 тысяч лет до н.э); коллекция боевых шлифованных топоров эпохи бронзы (II тысячелетие до н.э.); находки раннего железного века (VII в. до н.э. – VI в. н.э.) дьяковской культуры. Посетитель может увидеть погребальную урну и бисер из коломенского археологического памятника эпохи «тёмных веков» (VII– IX вв.) - Щуровского могильника.
В залах второго этажа представлена история Коломны с момента основания города, имевшего важное оборонительное значение для Рязанского, а затем и Московского княжеств. В экспозиции находятся гончарные, кузнечные, ювелирные и деревянные изделия средневековых ремесленников.
Второе главное значение Коломны – торговое. Вниманию посетителя представлены парадные портреты первой четверти XIX века. Работа «Портрет купчихи в вишнёвой шали» представляет собой образ ведущего сословия Коломны XVIII -XIX веков. Интересны напольные часы английской работы конца XVIII- начала XIX веков, принадлежавшие известной коломенской благотворительнице М.Н. Шевлягиной.
Так же экспозиция рассказывает о жизни города в период промышленного и культурного развития и о благотворительной деятельности известных Коломенцев. Отдельный комплекс посвящён митрополиту Московскому и Коломенскому – Филарету.
Завершает экспозицию музея зал, где представлены предметы бывшей дворянской усадьбы села Северское. Это западно-европейская и российская мебель, фарфоровая, фаянсовая и стеклянная посуда - предметы середины XVIII – XIX веков. Ещё одним украшением зала являются парадные портреты середины XVIII века.
Доступность для посетителей с ограниченными возможностями здоровья: Пандус имеется
Посещение возможно на коляске только 1 этаж. Для слепых есть тактильные экспонаты.
Индукционной петли нет. Полностью оборудованный туалет для людей с ограниченными возможностями здоровья имеется в отдельно стоящем здании.